A Funadesp foi criada em julho de 1998, a partir da iniciativa de um grupo de dirigentes, mantenedores e educadores, liderados pelo Prof. Edson de Souza Franco. O ato de instituição da Fundação foi apoiado por 69 entidades mantenedoras convictas da necessidade da existência de uma organização que pudesse dar sustentação aos processos de desenvolvimento e de fortalecimento da qualidade do ensino superior particular. Dessa maneira, sediada na cidade de Brasília, a Funadesp começou a desenvolver suas atividades seguindo motivações que, aquela época, eram as principais aspirações do ensino superior privado.

Com a expansão deste setor de ensino no Brasil, o ensino privado deparou-se com mais de 65% do total de matrículas em ensino superior. Tão expressiva participação impunha, sobretudo, crescentes responsabilidades e novos desafios ao setor da educação superior não estatal. Aspirações como a necessidade de uma formação qualificada do corpo docente e do setor de recursos humanos foi apenas uma das justificativas imediatas para a criação da Funadesp.

Em meados dos anos 90 a titulação acadêmica do corpo docente das IES particulares podia ser considerada precária. Os doutores representavam cerca de 12% e os mestres 29% do corpo docente. Tal situação revelava que a capacitação de docentes não vinha merecendo a devida atenção por parte dos dirigentes de instituições, tampouco por parte das esferas educacionais do Governo. Ficava evidente que era necessário valorizar a experiência profissional, a competência de magistério, os planos de carreira e as práticas pedagógicas, juntamente com a adequação das instalações, dos equipamentos, das bibliotecas, laboratórios, salas de aula e demais condições de infraestrutura. Percebia-se também que era necessário arriscar inovações no ensino para promover a adequação da oferta. Isso resultava na diversificação das oportunidades em programas de formação profissional específica e em cursos de tecnologia de menor duração; o investimento em formas de ensino não presenciais; a experimentação de alternativas de cursos sequenciais e a flexibilização dos currículos.

Era necessário também desenvolver o ensino de pós-graduação. A participação das IES particulares era limitada a uma inexpressiva oferta de cursos stricto sensu. A necessidade de desenvolvimento existia, pois acredita-se que a viabilidade deste tipo de ensino constitui fator de melhoria da qualidade de todo o sistema.

Por fim, era indispensável desenvolver a produção científica, que, àquela época, apresentava um baixo desempenho e uma reduzida capacidade de pesquisa das instituições particulares. Fortalecia-se, entretanto, a percepção de que as instituições particulares precisavam demonstrar o quanto são capazes de atuar não apenas no ensino de graduação. Necessitavam, para tanto, adquirir competência para também marcarem presença no campo da pesquisa. Somente a disponibilidade de um corpo docente com qualificação e dedicação poderia possibilitar a elas uma atividade mais significativa de produção intelectual e científica.

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