As bolsas de Estudo e de Pesquisa desempenham importante papel para o desenvolvimento do sistema nacional de ciência, tecnologia e inovação, contribuindo para a formação de docentes/pesquisadores e a viabilização de projetos de pesquisa e de extensão das IES nas suas relações com os setores de produção, serviços e desenvolvimento.

Hoje a capacitação científica, tecnológica e profissional é um determinante, para o desenvolvimento da educação e do país. Para tanto é imprescindível existir um sistema educacional de qualidade para a formação dos profissionais e pesquisadores dos diversos campos do saber.

A FUNADESP com a missão de "apoiar o desenvolvimento das Instituições de Educação Superior, mediante a busca continuada da qualidade e da relevância das atividades e projetos de ensino, pesquisa e extensão", criou, mantém e oferece Programas de Bolsas de Estudo e de Pesquisa, que constituem o carro-chefe de sua atuação, objetivando o desenvolvimento e o fortalecimento das Instituições de Educação Superior do segmento não estatal. 

O Programa de Capacitação de Recursos Humanos objetiva fomentar a qualificação do corpo docente e dos recursos humanos das Instituições de Educação Superior e de outras entidades conveniadas.
Modalidades: Aperfeiçoamento, Especialização, Mestrado, Mestrado-sanduíche, Doutorado, Doutorado-sanduíche, Pós-Doutorado e Residência Médica. 

O Programa de Bolsas de Fomento à Pesquisa/Desenvolvimento/Inovação objetiva incentivar a institucionalização da pesquisa e contribuir para a implantação da pós-graduação stricto sensu nas Instituições de Educação Superior; fomentar processos de inovação e estimular a interação das IES com o setor produtivo.
Modalidades: Iniciação Científica Júnior, Iniciação Científica, Iniciação Tecnológica, Pesquisa e Desenvolvimento, Recém-Mestre, Recém-Doutor, Inovação para Competitividade Empresarial, Pesquisador Visitante, e Apoio Técnico a Projetos de Pesquisa/Desenvolvimento/Inovação.

A participação das IES nos Programas da FUNADESP é muito importante para a consolidação do esforço coletivo e interinstitucional de promover a qualidade e a relevância do sistema de ensino superior do segmento não estatal.

O Pré-requisito para participar é a celebração de convênio ou termo de parceria com a Funadesp, estabelecendo objetivos, critérios e procedimentos que deverão regular a parceria ou a cooperação técnica e financeira.

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